Гейси воспитывал жестокий отец-алкоголик, который называл его «неженкой», и пассивная мать. Он был близок со своими сестрами и старался держаться ближе к матери.
После посещения четырех разных средних школ Гейси бросил учебу, не закончив свой выпускной год, и прервав все контакты со своей семьей, он направился на Запад осев в Лас-Вегасе.
После того, как деньги закончились, Гейси солгал о своем возрасте и подал заявку на работу в качестве водителя скорой помощи в «Palm Mortuary», где минимальный возраст для устройства на работу был 21. Когда сотрудники узнали правду, они уволили Гейси с работы водителем, но предложили ему альтернативную должность ассистента морга, в который он перевозил трупы и материалы из больницы в похоронное бюро.
Поскольку Гейси не мог позволить себе жилье с его новой зарплатой, ему также разрешили спать по ночам в помещениях. (Это вызвало значительные спекуляции о некрофилии, когда его преступления были обнаружены спустя годы.) Гейси показали, как тела мыли, обрабатывали и бальзамировали. Ночью, когда все остальные уходили, он вытаскивал ящики и осматривал тела, разговаривал с ними и раздевал их, аккуратно складывая их одежду рядом с гробами. Так продолжалось до тех пор, пока директор не заподозрил неладное и однажды не вызвал полицию. Хотя Гейси не был идентифицирован как преступник, он начал копить деньги на обратную поездку в Чикаго и уволился через три месяца.
Так и не вернувшись в среднюю школу, он поступил в северо-западный бизнес-колледж и в 1963 году окончил его. Вскоре после окончания университета он получил должность стажера в обувной компании «Нанн-Буш», и в 1964 году Гейси был переведен в Спрингфилд, штат Иллинойс. Там он встретил коллегу Мэрлин Майерс, и они поженились в сентябре того же года.
Он стал активным членом местных Спрингфилдских организаций, присоединился к «ДжейСи» и в 1965 году стал вице-президентом Спрингфилдского отделения. Позже Гейси стал участвовать в политической деятельности, строительстве и ряде других областей, одновременно подвергаясь мелким уголовным обвинениям.
В 1975 году Гейси создал персонажа «Пого-клоун», которого использовал, чтобы подзаработать.
Его привычка носить костюм на благотворительных мероприятиях и вечеринках позже привела к тому, что его прозвали «клоуном-убийцей».
В течение этого времени он участвовал в политике.
Вскоре после этого он начнет убивать. Он начал с молодого подростка по имени Тим Маккой, которого он якобы убил в целях самообороны. Вскоре он убил сослуживца по имени Джон Буткович. После многих лет убийств, Гейси был в конечном итоге задержан в Де-Плейнс после исчезновения 15-летнего Роберта Пиеста, которого последний раз видели в компании с Гейси.
Полиция получила ордер на обыск дома Гейси, где они обнаружили сильный запах и многочисленные предметы, принадлежащие другим пропавшим молодым людям. Затем власти заподозрили Гейси в убийстве и вскоре получили второй ордер на обыск. Полиция разобрала половицы и начала копать землю под полом. Во время обыска и раскопок полиция обнаружила человеческие кости. В этот момент они арестовали Гейси за убийство. Гейси признался в 25-30 убийствах в 1970-х.
Когда полиция обыскала его дом, они обнаружили останки, по меньшей мере, 29 человек, которые были найдены похороненными в разных местах. Остальные жертвы были найдены в реке Де-Плейнс.
На суде, для того, чтобы смягчить приговор, Гейси начал говорить чиновникам и прокурорам, что у него есть альтер-эго по имени Джек, который несет ответственность за убийства. Психиатрическая экспертиза подтвердила ложность заявления.
Позже в интервью в камере смертников незадолго до своей казни Гейси заявил, что является 34-й жертвой, поскольку он был невиновен и не имел никакого отношения к убийствам и последующим захоронениям. Гейси утверждал, что его подставили сотрудники. Это было ложью. Он уже взял на себя ответственность за убийства молодых людей несколько лет до этого. Сообщается, что в 1972-1978 годах Гейси убил 33 молодых человека.
Известно также, что он изнасиловал двух мужчин одного возраста. Одного в 1968 году и одного в мае 1978 года, причем оба они остались в живых. Девять неопознанных жертв были похоронены в отдельных могилах с надгробиями, на которых было написано «нас помнят». Позже Гейси был признан виновным в своих преступлениях и приговорен к смертной казни через смертельную инъекцию в тюрьме Стейтвилль в Кросс-Хилл, штат Иллинойс 10 мая 1994 года. Когда его спросили, имеет ли он что-либо сказать перед казнью, он, как сообщается, зарычал: «Поцелуйте меня в задницу». Затем он был казнен.
На момент смерти ему был 51 год.